Trận lụt lịch sử miền Trung cuối năm 1999 được xem là trận lụt lớn nhất từ trước đến thời điểm đó xảy ra tại Việt Nam.[35] Lũ lụt đã làm ngập trắng 10 tỉnh, thành phố của miền Trung, trong đó 20 huyện thị bị nhấn chìm.[2][36] Mưa lũ khiến 595 người chết, 41.846 ngôi nhà bị cuốn trôi; 570 trường học bị cô lập và phá hủy, thiệt hại ước tính đạt 3.773 tỷ đồng (tương đương với 488 triệu USD vào thời điểm năm 1999).[2][37][38][39] Đây được xem là thảm họa thiên nhiên đã gây ra hậu quả rất nặng nề và về lâu dài đối với các mặt xã hội, kinh tế, môi trường ở các tỉnh nơi lũ tác động.[40]

Huế

Thừa Thiên Huế được xem là tỉnh chịu thiệt hại nặng nhất trong đợt lũ lịch sử này.[1][41][42] Trong tổng số 595 người chết của đợt lũ thì Thừa Thiên Huế đã chiếm quá nửa với 352 người chết.[1][2] Hàng loạt nhà dân bị nước lũ tràn vào làm cuộc sống của những hộ dân này lâm vào cảnh khó khăn.[43] Đã có những người phải bỏ cả tính mạng mình để cứu sống những người khác gặp hoạn nạn trong cơn lũ.[44]

Tại vùng đồng bằng các huyện Hương Thủy,[lower-alpha 3] Quảng Điền, Phong Điền, Phú Vang, Phú Lộc và một số nơi ở thành phố Huế nước đã ngập sâu đến 4 mét. Nhiều đoạn quốc lộ bị ngập trong nước nhiều ngày dẫn đến giao thông đường bộ ngưng trệ; về sau cả đường thủy, đường sắt và đường hàng không tại đây cũng phải tạm dừng hoạt động. Sân bay Phú Bài nằm ở vị trí tương đối cao, tuy nhiên nước lũ vẫn tràn lên gây ngập khiến sân bay này phải đóng cửa từ ngày 1 đến ngày 5 tháng 11.[45] Tại huyện A Lưới, nước lũ kèm theo đất đá đổ xuống các cánh đồng khiến 2 trên 16 hécta ruộng đã không thể phục hồi.[46] Ngoài ra, con đường duy nhất nối A Lưới với thành phố Huế cũng bị lũ đánh sập.[47]

Nước lũ cũng tràn về từ hạ lưu làm vỡ Phá Tam Giang đồng thời mở ra 2 cửa biển mới, gọi là cửa Hòa Duân và Vĩnh Hải, khiến cho hàng chục tàu thuyền của ngư dân và tàu tuần tra bị hư hỏng. Sự kiện tạo cửa biển này được xem là chưa từng xảy ra ở Việt Nam.[15][48] Cũng do ảnh hưởng của lũ, ngày 2 tháng 11 năm 1999 có 57 học sinh trường Trung học Cơ sở Hương Thọ thuộc tỉnh Thừa Thiên Huế bị mắc kẹt trên mái nhà, và một thầy giáo trẻ mới vào trường[lower-alpha 4] đã giải cứu cả 57 em. Nhiều tờ báo lớn đã xem cuộc giải cứu như là "thông tin khiến cả tỉnh sững sờ".[49][50] Ngày 5 tháng 11, hàng loạt quan tài gỗ thông vàng đựng thi thể những người thiệt mạng trong lũ được đưa ra quàn tại Đài Tưởng niệm Chiến sĩ Trận vong (hay còn gọi là Bia Quốc học).[1] Bộ đội đã tập kết ở đường băng Phú Bài đưa những chiếc áo quan trên về nơi an nghỉ cuối cùng.[2]

Tại di sản thế giới Quần thể di tích Cố đô Huế, nước lũ tràn vào nhiều lăng tẩm, đền đài khiến cho gỗ, ngói của các công trình trên bị mục nát, xuống cấp.[51] Đặc biệt, Hiếu Lăng của vua Minh Mạng có những thời điểm ngập đến 5 mét, khiến bờ sông trước công trình này bị sạt lở gây thiệt hại nghiêm trọng.[52] Tại nhiều vùng ven biển của Thừa Thiên Huế nhiều đám tang những người thiệt mạng trong đợt lũ phải diễn ra ngoài đường do nhà của họ bị lũ làm hỏng, bị sập hoặc bị cuốn trôi.[49] Các sự cố mất điện, mất thông tin liên lạc, mất tín hiệu phát thanh truyền hình tại tỉnh này đã diễn ra vào các ngày từ mùng 2 đến mùng 5 tháng 11.[48] Ngoài ra, cây cối, hệ thống chiếu sáng và các công trình đô thị khác tại thành phố Huế cũng hư hỏng, thiệt hại lớn.[53] Các ngành nghiên cứu về văn hóa - lịch sử; khoa học - kĩ thuật; văn học - nghệ thuật của tỉnh Thừa Thiên Huế bị lũ làm hư hỏng nhiều công trình, sách báo, tác phẩm lớn, thiệt hại do mưa lũ gây ra là không thể kể hết được.[42]

Do ảnh hưởng từ lũ trên lưu vực sông Hương, Thừa Thiên Huế có khoảng 242.000 hộ dân chìm trong nước lũ;[54] tổng thiệt hại ước tính 1.780 tỷ đồng,[55] bằng tổng thu nhập của tỉnh này trong 7 năm trước đó.[56]

Các nơi khác

Trong đợt mưa lũ, ở tỉnh Quảng Nam, làng Ấp Bắc (thuộc xã Đại Phong, huyện Đại Lộc) được xem là "rốn lũ" của khu vực này.[2] Lũ cũng ảnh hưởng đến toàn huyện Đại Lộc.[11] Các huyện đồng bằng khác như Điện Bàn, Duy Xuyên, thị xã Hội An[lower-alpha 5] và một số khu vực khác cũng bị lũ ảnh hưởng gây ngập sâu. Sạt lở núi, đất đá đã xảy ra trên một số tuyến đường, đặc biệt Quốc lộ 1A bị ngập và giao thông ách tắc. Lũ quét cũng đã xảy ra ở một số huyện vùng núi gây thiệt hại nghiêm trọng.[48] 3.500 hécta ruộng tại tỉnh này bị hư hỏng và mất trắng, tổng thiệt hại là 29 triệu USD (thời điểm năm 1999).[57] Tỉnh cũng có 53 người chết, đứng thứ hai sau tỉnh Thừa Thiên Huế.[2] Một tháng sau, trong trận lụt đầu tháng 12 thì Quảng Nam lại trở thành tỉnh chịu thiệt hại nặng nhất.[58]

Tại Đà Nẵng, sáng ngày 1 tháng 11 nước từ các ngả sông Vu Gia, thượng nguồn sông Yên đổ về sông Hàn. Hàng chục tàu cá của ngư dân neo đậu hai bên bờ sông Hàn bị nước cuốn ra biển khiến thành phố này phải ban bố tình trạng khẩn cấp.[2] Sân bay Quốc tế Đà Nẵng phải đóng cửa trong vòng 23 tiếng đồng hồ vì nước lũ.[48] Trên sông Túy Loan đã xuất hiện lũ quét.[59]

Ở hai tỉnh Quảng Bình và Quảng Trị, nhiều huyện thị bị ngập sâu khiến giao thông bị tắc nghẽn. Các đoạn đường sắt, quốc lộ bị sạt lở và hư hỏng.[45] Riêng tỉnh Quảng Trị thì thiệt hại về tài sản ước tính là 564 tỷ đồng.[60][61] Còn tại Quảng Ngãi và Bình Định, các vùng đồng bằng ở hai tỉnh này bị ngập lụt nghiêm trọng. Do ảnh hưởng của sạt lở núi, các tuyến đường liên xã của nhiều huyện vùng núi của tỉnh Quảng Ngãi bị cắt đứt trên 10 ngày. Nhiều vùng ven biển cũng bị sạt lở.[48]